少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术方式因脓肿部位不同而异，且越早越好。
另外因为肛周脓肿经常渗液，所以须特别注意肛门护理，不然容易导致细菌繁殖，恶性循环，加重症状，具体就是坐要悬空透气，便后要用水清洗，熏蒸坐浴要保证足够时间。肛门护理是肛肠疾病康复的基础，这个做不好，用药和手术都没有意义。 可以备一个肛肠康复包。里面有手持式卫洗丽不仅能有效清除肛门及肛门皱折内残留于的粪便和病菌，保持肛门部的清洁，还不会刺激到肛周的皮肤。冲洗器体积小，冲力可自由控制，同时也避免了用盆清洗，水循环使用造成的二次感染，无痛透气垫用来悬空透气肛门，促进伤口愈合。里面还有一个肛部水疗器，如果严重的话，用于中药或者高门酸钾熏蒸坐浴，可以放到马桶上用坐姿完成，用盆蹲在地上一个吃不消，更有撕裂伤口的风险。坐浴目的是促进肛门局部的血液循环，可起到消炎、止痛、清洁的作用。
饮食上还要忌辛辣刺激食物，忌久坐久站。
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