南京农业大学动物医学院的前身为1921年创立的东南大学畜牧兽医系，是我国最早成立的畜牧兽医系之一。1927年改名为中央大学畜牧兽医系， 1952年全国院系调整时组建南京农学院畜牧兽医系。1984年，更名南京农业大学，分设兽医系和畜牧系；1994年，经农业部批准，在南京农业大学兽医系的基础上成立动物医学院。
