毛果芸香碱临床作为缩瞳剂用于眼科。治疗青光眼以降低眼压，瞳孔缩小，这是兴奋虹膜括约肌上的M胆碱受体，使虹膜括约肌收缩。阿托品散大瞳孔，使眼压升高，是阻断M胆碱受体，因而使瞳孔括约肌和睫状肌松弛，出现扩瞳、眼内压升高和调节麻痹，导致畏光。眼科用于散瞳，并对虹膜睫状体炎有消炎止痛之效。
