钙是植物细胞壁的主要成分，对植物保持一定的机械强度有重要作用，钙肥对农产品的正效应主要表现在提高果品及果菜类蔬菜的贮运性能，延长贮藏时间，减少运输过程中的损伤和损失。镁是叶绿素的组成成分，直接参与光合作用和碳水化合物的合成代谢，镁肥对农产品质量的正效应主要表现在提高含糖量、淀粉含量、含油量及纤维含量等；牧草中保持适当的含镁量和钾镁比例对防治反刍动物缺镁症十分重要。硫对植物体内含硫氨基酸、蛋白质及特殊含硫化合物的形成起重要作用，硫肥对农产品质量的正效应主要表现在提高氨基酸和蛋白质含量；硫肥还能改善葱蒜类和芥菜等的特殊风味。
钙质肥料尤其是石灰施用过量时会降低土壤中微量营养元素的植物有效性，降低农产品中锌、铁、锰等的含量，使营养品质下降。
镁肥施用过量在生产上一般很少发生，其对农产品质量的影响尚不明确。
生产上单一施用硫肥很少见，含硫化肥（如硫酸铵、过磷酸钙等）在正常的施用量条件下，一般不会导致硫肥过量。水稻在淹水条件下大量施用含硫化肥有可能发生H2S中毒，使子粒产量和品质降低。
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