跑DNA或RNA一般都是用琼脂糖凝胶电泳；而聚丙烯酰胺电泳通常是做蛋白质的，如果在配胶的时候加了SDS就是用来做变性蛋白的，如果没有加SDS就可以用来跑非变性蛋白。
后者通常是用来跑蛋白电泳的 应该是变性的
琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
琼脂糖凝胶约可区分相差100bp的DNA片段，其分辨率虽比聚丙烯酰胺凝胶低，但它制备容易，分离范围广，尤其适于分离大片段DNA。普通琼脂糖凝胶分离DNA的范围为0.2-20kb，利用脉冲电泳，可分离高达10^7bp的DNA片段。
聚丙烯酰胺凝胶电泳是网状结构，具有分子筛效应，它具有两种形式，一种是非变性聚丙烯酰胺凝胶，一种是变性的，非变性的为常用
PAGE也是可以用来电泳DNA的
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