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东南互保是个不得已而为之的法子，人家八国联军都要打到家门口了，为了减少更多的损失，东南一些省份的总督们，包括李鸿章，张之洞等人和美英帝国共同起草了一份协定，做出退让尽力保护更多的省份免遭义和团与八国联军战乱的波及。打慈禧可以，但不能挥兵南下，殃及东南各省。
中央权力变小，地方派系拥兵自重，已经脱离了清政府的管制，这就是东南互保的原因。1900年清政府以光绪帝的名义向十一个国家宣战，与此同时，英美帝国主义因为担心此次战争会波及到他们所涉及的势力范围长江流域，便谋划着和两江总督刘坤一、湖广总督张之洞等展开合作，此时的中国内忧外患，在自身不太强大的同时，还要向同时11个国家发难，着实是一件很不理智的事。当然，东南各省的官员也意识到了这个问题，为了保护他们所管辖的地区，河北，山东以外的地方，让他们免于义和团和八国联军战争的侵害，于是他们和让各国达成了协议即东南互保。
面对清政府下发的作战任务，各省官员皆声称所谓的皇室诏令是义和团胁持下的“矫诏、乱命”，所以不予遵从，这一举措虽然让河北山东地区得到了安稳，但却也让地方的政治与军事实力进一步扩大，也意味着中央权力的下降。东南各省在名义上违抗清政府的命令，实际上也是否定着清廷的管理，让清政府顿时颜面扫地，而此时各地的革命势力也逐渐发展起来。后来1911年辛亥革命的爆发，更是让地方势力崛起，中央权力则每况愈下。所以说东南互保其实也意味着大清权力地位已逝。
至于慈禧为什么不许追究，其实不是因为她不想追究，而是因为这时的慈禧也无能为力。其实早在清政府还没有向各国宣战之前，东南各省的地方政府就已经针对地方的稳定想好了方案，而这里面还包含着若北京失守而天子、太后不测这种状况，要知道，如果是在往常，他们的想法可是要杀头的，而现在他们却可以堂而皇之的谈论并思考后果，从这里也可以看出清政府对于各地的管制已经不起什么效果了。所以面对李鸿章在清政府宣战时的覆电朝廷：“此乱命也，粤不奉诏”的消息，慈禧除了气愤，更多的却是无可奈何。
后来八国联军侵入北京，京城各种奇异宝均被列国抢掠带走，而慈禧太后只能和光绪皇帝逃跑以保护性命，在这次战争后，清廷的损失甚是严重，没钱没势的他们，只能凭借皇帝皇太后这个头衔下发着一些损人不利己的诏令，像剿灭义和团的命令。但同时和列国签订的不平等条约也越来越多，这在进一步加深了中国的半殖民地化程度的同时，也让这个政府摇摇欲坠，根本在无暇顾及其他。所以说当时的慈禧根本就没有精力，也没有时间再去对付东南各省的地方势力，况且他们也都可以强大到能够与清政府抗衡。
再者东南各省势力虽然说违抗了清政府的命令，但是确实也保护了方土地的安稳，而且再怎么说，是生活在同一片土地上的人，此时她更需要面对的更多的是来自其他领土的侵略者。
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