销售商品时货物运输发票有两种，一种是指纳税人外购货物(固定资产除外)支付运输费用而取得的运费结算单据，还有一种是纳税人销售应税货物而支付运输费用所取得的运费结算单据。
销售商品时运费开的发票有以下几项注意事项：
1、要加强对货物运输发票抵扣的审核管理。在纳税人进行申报抵扣税款时，基层管理人员要加强对货物运输发票的审核分析，从中发现问题。
2、将货物运输业纳入增值税应税项目。无论是从增值税的原理上看，还是从国外的实践经验上看，货物运输都应该作为增值税的应税劳务。将货物运输业纳入增值税应税项目后，发票的开具、抵扣都可以统一由国税机关管理。
3、完善货物运输发票信息比对系统，要建立一种能够有效发现虚假货物运输发票的长效机制，将货物运输发票纳入与增值税专用发票类似的交叉稽核系统。
4、加强对配货站的营运业务管理和税收管理，要建立严格的业务登记档案和联网司机车辆档案，堵塞虚假货物运输发票的流通渠道。
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