开头，倒霉的碧奇公主再遭敌人迫害，被毒雾喷中。控制小蘑菇在浴室找到马力奥（马力唱的歌……），来到皇宫，和库巴开战。战斗方式和一般RPG不同，攻击时看时机按下B可以加大伤害，回避攻击也是手动的，在库巴喷火前按A跳可以躲过。打败库巴后通过小蘑菇叙述得知来这个拜访的使者把碧奇公主的声音盗走了，并且用噪声取代了原来的声音……库巴这时来劲了，说要和马力奥一起去把声音找回来，然后再把公主抢走（-_-，真会搞）。
出城堡，在这里隐藏着一个蘑菇，注意右上角，以后看见有感叹号出现就说明那里有道具。顶一本书就可以保存记录，之后蘑菇爷爷有会给你行李，之后会发现路易装傻（其实是害怕，不想一起去），但最后还是被的抓了进来……来到飞船里，由于护照上没有照片，所以要拍，站在那个脚印上就行了，拍的时候按方向键可以改变动作，途中在木桶中可以遇见杂兵练练控制双人作战，升级后还有附加点，象老虎机一样，多多练习一下很容易转到3的。来到甲板，BOSS战，飞船破坏……
——进入城堡，里面有个跳绳的小游戏，极其有挑战性，共5个等级（第5级是前4级的综合）成功后能得到豆子。
——到地上有星星标志的地方学习合体技能（在战斗中就可以使用了，看准时间按键，有3个选项，第一个是比较容易，在要按键的时候有提示有停顿，多用那个练习，第二个取消了停顿，但还有按键提示，第三个就全取消了，但消耗SP变小了就看你的熟练度如何了）
——得到100枚金币后到库巴那BOSS战，人间大炮发射……
——控制马力奥到水池喝水，然后对着下面的机器喷水能得到蘑菇或者金币
——过桥发生剧情，路被堵，然后回到有一堆人在造桥的那个地方，进如屋子发生剧情，过一会儿屋外的桥会造好，过桥
——迷宫，很简单，让马力喝水扑灭火后就有龙卷风
——看见一石头人，要求在30秒里得到10个“球”，完成后BOSS战，（可能要卡机，反正我遇到了，要是卡机的话用金手指把攻击调到最大就可以了，VBA用攻击99：02004874:0063 020048b0:0063）
——继续前进，注意，有一处要喷水的地方喝完水后往右走有路。还有战斗时看见有两个恐龙的话要每个先攻击一次把它踩矮，不然躲不过的。
——来到一大鸟前把那块石头踢来，BOSS战——来到石头掉到的那个房屋里，得到锤子
——敲开挡路的石头
——乘坐矿车（模拟器玩家可以按Ctrl+3消除黑暗）和跳绳一样，有等级之分，最高5级，然后是大综合
——学会在战斗中使用锤子，下来身上带刺的敌人要用锤子打，用脚要损HP
——往下走，来到一小镇发现一片萧条，来到皇宫，和守卫一阵傻瓜间的对话后进入……
——调查地上的小孩，然后掉入陷阱……
——第一个版面很简单，只要把破口用锤子敲住就行，第二个版面在哪个红色的阀门前用马力奥的旋转转动它，然后总明白了吧
——下来有个版面有4个缺口，转动筏门后喷出一个，按照2、1、3、4（顺序从左往右）打就行了
——BOSS战，先要把她的两个手打掉，然后在打身体，她吐出来的豆子最好不要踩到，不然会变出敌人来
——到店里可以买到装备
——出城往下走，来要一处有守卫的地方，交出道具进入（有两处有守卫的地方，一处现在还进不去）
——来到一处满是酒桶的屋子，从里面饶出来后跳到酒桶上往左走
——BOSS战
——把左边的酒桶踢来，出来两大乘，到上面房间会教你锤子的新用法，到右边的屋子得到酒杯（第二个要路易用锤子把墙上的机关敲下去打开门）
——下面全是锤子敲打的小迷题，有一处有个木桶，要用马力把路易敲下去，然后钻到桶中移动到那个踩下会喷火的机关那，之后还有一个在高处的木桶，路易钻进去后按L会多出个马力跳到木桶上的选项
——和奇怪的树对话后两边的门就会打开，先到右边，最后一个机关敲下后要在15秒内去敲另外一个机关，跳到弹簧上可以跳出来，得到白果实，然后再到左边的门，看见一棵小树，他会告诉你地上有X字标记的地方用路易钻下去能得到豆子
——BOSS战，要先把后面4节身体踩黄，然后再踩头。干掉后得到红果实
——紫果实取得很容易，不说了，全取得后到大树那就可以通过了
——进入动，BOSS战，掉入地下……
——控制路易找到木桶，女皇复原
——镇子也修复了，现在可以到店里把之前得到的豆子合成饮料给小博士喝，他会给你奖章，装备之后会得到不同能力。按照顺序合成，一共有7个奖章
——这里还有个照相的，开价100照一次，选NO可以还价到50
——来到大地图的右下角插旗处，进入屋子和“鸟山明”决斗（-_-,象，实在是太象了）
——来到其中一个房间，有许多象塑像一样的东西，用锤子敲会变颜色，按照前面提示版上的位置敲就可以了（里面有马力奥医生里的敌人，看看把那些细菌打成相同颜色会发生什么^^）
——下面的密题很简单，按顺序来就行（有两个平台上隐藏着一个豆子）
——来到一个有只老鼠的房间，让马力喝水，然后对准老鼠让路易用锤子敲马力
——BOSS战，顶住前面的猛功，后面用合体技即可
——前进一段，又是BOSS战，当心小个子回偷东西！
——进入遗迹，把马力敲小后进去，学会火球（对着村民使用看看会发生什么……），另外一个遗迹路易学会雷电
——到外面用或和电两个机关打开，进入海底
——对着水母用电，门可以打开
——后面点火要记住之前演示的顺序来点
——走出海底，剧情后看大地图来到红旗处，用雷电打开机关就有桥了
——来到飞机场，那些食人花要先用水喷，再用电击，全消除后BOSS战
——回到城里，发现公主复原了，原来之前那个是假的，上去和公主对话后有确定的新的进发目标
——在用电打开一处机关，在尽头进入山洞，锤子升级（在这里能得到一个卷轴）
——敲开挡住关键路的石头，进入沙漠
——进入水管救出公主，然后跟着她走，注意中途不要让她碰到敌人，也不要离公主太远
——走到尽头BOSS战，他分身的时候看清楚正体
——到蘑菇村，在游戏机房玩游戏，达到200分后有奖品一个绿蘑菇，马力吃下后中毒
——路易傻掉，控制他到下面的屋子里和法师对话后复原，然后看大地图带红旗处
——返回到沙漠，之前BOSS前的那个电梯修好了，乘上去
——沿着路找到一处有很多石象的地方，用锤子把红色的石象打碎，然后看着办——里面的截迷都很简单，最后顶住30秒的小游戏后得到解药
——正当欢心鼓舞想去治好马力奥的时候回去发现公主被敌人抢走……
——看地图，去找种子的碎片，先找右上角的那个
——来到沙漠中废弃的船上，种子被抢走，进去
——兜了一圈后玩小游戏，胜利后得到会员卡
——进入房间找到抢碎片的家伙，但是还不给你，要你把卡在洞里的家伙弄出来
——返回，在船长房间前有块板，用锤子敲一下回掉下来炸弹，用火点燃，没想到……——从船的上面往右游，用火打开机关
——来到陆地上，在屋子里可以学会新的动作，这样就打开那些幽灵机关（用电吸住马力，然后往后退移开幽灵机关）同时用火可以撞开大乌龟
——有两处滚筒的迷题，一个要用火冲过，一个要用电吸住马力才能走过，得到两个果实后返回地面
——活用新的动作，迷题都很简单，要说的是有个有方向的砖块站在下面用旋转推动它
——路全铺好后BOSS战，得到一个碎片
——看大地图，现在去找上面那个，撞开大乌龟即可——到投影室和老头对话，他会告诉你果实的地点，要全部找到给耀西吃，果实一般埋在一些花围住的地下
——全部找到后给蛋壳大叔，就能得到第二个碎片——下来去找中下的那个,要玩一个小游戏，依照提示，第一个3+3，第二个1+3,第三个1，2+2，第四个1，2，3+任意两个（数字按照从上到下的顺序，可能有出入），完成后得到第三个碎片（注意，这里可能要卡机，这时要用到BIOS文件才能解决，具体方法参照光明2的恶魔之塔，或者使用最新的模拟器VBA1.7beta 3）
——下面去找最后一个碎片，完成小游戏后得到蜗牛壳，然后给挡路的人，进去后BOSS战，得到最后一个碎片
——然后到上次锤子升级的地方在升级，现在可以打碎黑石头了（可以得到一个卷轴，前两次都是空门，要第三次才有）
——现在打开在沙滩边的黑石头，让路易站在地上那条缝的地方，然后马力用锤子可以把他打成滑板
——进入冰城堡，有后面的机关要马力和路易同时顶两个放块才行，接着全是合作的密题，有一处要控制马力，让路易在下面顶转块才能跳上去，下是控制路易，让马力顶机关，路易套在桶里，然后移动到机关上把火反弹
——BOSS战，集中打大雪人，注意路易的电打她会给她加血，解决后点燃墙上的火
——下来是搞笑的剧情……
——控制路易，开始给用电打开机关后出现一个能连续顶出豆子的砖块，不要错过
——剧情后控制马力，BOSS战
——回到城堡，发现这里被地毯试轰炸过了，赶紧到皇宫，得知去城堡的方法
——来到以前得到锤子的那个村子，和大鸟对话就可以飞到城堡了
——小BOSS七连战，第5个BOSS之前的屋子要把马力敲小，然后沿着墙壁上的高台进入一个类似横版超级马力奥的小游戏，通过后门才会打开，接下来要马力和路易一上一下同时顶砖块，第5个BOSS要在8回合内解决，打第6个BOSS之前要先把到下面的红门处把路易敲到地下，移动过门和马力袄行动分开，然后一左一右站好，这样就可以来得及敲了，打BOSS时同样要崽回合内解决，第7个BOSS前面的迷题，和时间赛跑，是不是总是觉得时间差那么一点点，其实在顶机关的时候敲门的人要站得靠前点，让后面一个来顶，这样就来得及了，BOSS战之前的弹珠游戏很有意思，同样是8回合解决（BOSS的攻击方式很有趣），解决7BOSS后继续BOSS战……
——终于来到了库巴那，开战，干掉他后会被吃到肚子里去，这下是最终BOSS战了，注意，开始HP为1，注意回复，把它头和手打掉后会露出心脏，，猛打之，要有心理准备，此BOSSHP暴多……
——打败最终BOSS后会有3分钟的时间给你脱出，不用慌，时间很充分，脱出后就是结局画面了，你会发现……（寒一个-_-|||）
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