医院分设临床和保健二部分。临床主要有产科、妇科、肿瘤科、生殖健康科、辅助生殖中心、中医科、新生儿科、皮肤性病科、乳腺科、医学美容科等；保健暨江西省妇幼保健技术指导中心，主要设有保健部、妇女保健科、儿童保健科、健康教育科、信息资料科、体检中心等。产科、妇科肿瘤科、生殖健康科和妇产科（微创）介入中心是全省医学领先专业学科，中医科是全国示范中医科。
