二者同出一宗，北少林在先，是北少林僧侣南下创办南少林的。南少林寺在清朝已被清朝镇压毁灭，不复存在。 传说，唐初李世民即位后，反叛路得才等聚众沿海、夜集明散、沦为海盗，闹得沿海一带民不聊生。太宗皇帝命已敕封为大将军的北少林寺昙宗方丈率僧兵到沿海对付这群海盗，昙宗便派道广和尚和僧丰、僧满三人带五百僧兵前往福建沿海，平定了海盗，同时在当地广度有情，收下不少大乘禅宗弟子，经太宗皇帝恩准，便在福建莆田九莲山建起了南少林寺。南少林寺在反清复明半争中与天地会有着千丝万缕的关系，南少林寺武僧所具有的强烈的疾恶如仇、除暴安良的忠义精神，曾受到民众的推崇。在反清复明斗争中，莆田南少林寺被清兵所焚毁；现已重建一新。“寺因武显，武以寺名”。南少林寺是南拳的发祥地，当时此寺习练少林南拳武风极盛，并广泛流传民间。千百年来，“南拳北腿”在我国已形成了鲜明的南北武术流派，南少林武功已远播五洲，名扬四海。在反清复明斗争中被清兵焚毁的南少林寺蒙尘近三百年后，其中心寺院林泉院遗址于1986－1988年国家文物普查中被发现。这座遗址地处莆田北部丘陵山地，隶属莆田县西天镇林山村，南距莆田城区直线约12公里。遗址座落于九莲山（海拔近500米），东、北及东西三面环山，西隔山间小溪与卧佛山（亦称弥勒献图山，海拔570米）相望。遗址东西长约200米，南北宽约150米，总面积近3万平方米，地形地貌酷似嵩山少林寺。 这一重大发现在1989年11月福建省武术协会莆田会上书面公布后，在国内外引起了巨大的反响，当年12月3日成立了莆田市南少林研究会，开始系统的有组织的研究 。 实际上，福建南少林是与北少林嵩山少林寺齐名的南少林流派之代表。根据近年来的一些历史和考古专家发掘研究，确认福建共有三座南少林寺，它们分别为：莆田、泉州、福清三座南少林寺院。其中，创寺最早的莆田南少林寺，据《兴化府志》记载：莆田南少林寺原名“林泉院”，建于南朝陈永定元年（公元557年），比莆田置县早11年，较嵩山少林寺晚建61年。其次为泉州少林寺，据《晋江县志》与《泉州府记》记载：泉州少林寺建于唐乾符（公元874—879年）中年，原名“镇国东禅少林寺”，今名“东禅寺”。至于清南少林寺，在一些史书如《八闽通志》、《三山志》以及清乾隆皇帝钦定的《四库全书》中虽有记载“福清少林”字样，却无详细的文字记载其创建时间，故此，只能根据在福清南少林寺遗址所挖掘的文物来评估，福清南少林约创建于宋代，至今最少有一千余年的历史。
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