因为叶绿体很可能就是由蓝藻起源的。比较二者的结构，会发现很多相似性：二者都有复杂的膜系统（叶绿体的类囊体，蓝藻的片层结构），膜上都有叶绿素a、叶绿蛋白、电子传递链相关蛋白复合物、ATP合成酶，都有跨膜氢离子浓度梯度的存在。因此蓝藻也能进行光合作用。
光合作用关键之一就是叶绿素，蓝藻有叶绿素就无需叶绿体了。
记住蓝藻是特例，它有完成光合作用相关的酶。
