胃间质瘤良恶性判断问题较经典方式是根据肿瘤大小以及有丝分裂指数(MI)来评估。术中也是依靠肿瘤大小以及有无侵犯周围脏器、有无远处转移来判断其良恶性。恶性指标有肿瘤出现转移；肿瘤浸润至临近器官或周围组织。只要存在这两种现象，基本可以判断是恶性的。
