在近未来的城市“心园市”(Heartland)里,无论是大人或小孩都热衷于AR决斗。这城市的主角九十九游马热衷于这种决斗,但一直以来都是连败者。
某日,九十九游马与学校头号不良少年“鲨鱼”——神代凌牙决斗,而这场决斗将改变九十九游马的命运。于这场激斗中,出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现,并被九十九游马利用挂坠锁匙打开。大门散发出无数光芒,站着九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体星光体(Astral)!为取回星光失去的记忆,星光需拿回100张名字带有「No.」的超量怪兽卡,因此九十九游马及星光两人开始一起行动。
漫画故事第1至9话,跟动画故事1、2、5、6、13、14话基本相同。九十九游马&星光(Astral)结束跟天城快斗的决斗后,来到心园。在这里,游马迎战三位心城先生的刺客。同时,神代凌牙在曾经作为菲卡博士的助手的瑠那的请求下,也开始收集「No.卡」。天城快斗离开菲卡博士和心城先生。心城先生把凌牙的旧友八云兴司招募作为新的「No.」猎人。以游马&星光、凌牙&瑠那、快斗&轨道7、兴司&心城的四方「No.」争夺战正在拉开……