A、由同种元素组成的物质不一定是单质，如氧气和臭氧的混合气体是由氧元素组成的物质，但属于混合物，由同种元素组成的纯净物是单质．故A错误．
B、纯净物是由一种物质组成的，但不一定是由不同种元素组成，如氢气是由氢元素一种元素组成，但氢气是纯净物．故B错误；
C、含有氧元素的化合物不一定是氧化物，如KClO3含有氧元素，但不属于氧化物，氧化物必须有两种元素组成且其中一种属于氧元素，故C错误；
D、由同种分子构成的物质一定是纯净物，D正确；
故选D
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