军机处设立后，内阁地位虽高，但无实权，军政大权均由军机处掌握。皇帝的各项重要机密指示，均由军机大臣起草发出，一般性的中枢文件才通过内阁颁发出去。皇帝通过军机处，完全控制了全国的军政大权，实现了“乾纲独揽”的绝对君权。
军机处以“君权附庸”的地位,成为凌驾于内阁及各部、院之上的全国政务的总汇机关,军机大事,无不总揽.所以,这个机构成立后,内阁基本上被架空了
