弘树把自己的思想存入诺亚方舟中，诺亚方舟根据分析每个进入游戏的孩子的资料，在一个“诺亚方舟”的人工智能程序侵入“茧”的电脑系统的时知道柯南就是工藤新一。毕竟弘树开发的诺亚方舟就是研究人类基因的，每个人的基因不同，如果一样就说明是同一个人。更何况他对父亲的向往使他对父子情很敏感，再加上柯南的推理能力的展示，使他知道了柯南的身份！
柯南进入了弘树“诺亚方舟”的人工智能“茧”的游戏里，但是茧里面有指纹扫描，是工藤新一的指纹，但是指纹库里显示已死。再看到小的工藤（柯南）。他就知道了他就是工藤。
好像是因为工藤新一的爸爸工藤优作才知道的吧
通过指纹的
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