1、组织者不同。1946年的会议是由国民党组织和召开的。49年是共产党联合民主党派召开的。
2、历史情况不同。46年的政协是在国民党是中国统治的历史情况下召开的，是在抗日战争胜利后，各党派为建立联合政府而召开。49年的政协是在共产党夺取了全国大部分地方政权，为建立中华人民共和国而召开的。
3、作用不同。46年的政协是为了讨论如何建立联合政府，是协商会议。49年的政协是代行全国人民代表大会的部分职权，相当于最高权力机构。
4、会议的目的不同。46年的会议是国民党为发动内战夺取政权做准备，拖延时间，为了打到独裁的目的。49年的政协是坚持中国共产党的领导，个民主党派监督，参与，协商中国的建设。
5、最后的结局不同。46年的政协由于同年11月，国民党撕毁政治协商会议决议，单方面宣布召开“国民大会”，遂使政治协商会议即旧政协解体。49年的政协，在全国人大成立后，作为统战组织一直保持到现在。
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