清华大学物理系好还是中科大的物理系好？

都挺不错的，下面是数据。

数据一：

教育部2012年学科评估

向左转|向右转

可以知道，中科大物理学并列第一，清华大学第四（因为并列第一有三所高校）

数据二：

目前拥有物理学一级学科国家重点学科的大学名单：北京大学，清华大学，复旦大学，南京大学，中国科学技术大学

结论：两所大学物理学实力都非常强，选择哪所都不吃亏，考虑到综合实力以及学校声誉，清华大学优先吧。

我现在在科大就读，很少回答问题，但是听你的描述你的孩子的情况真的很适合科大，科大也很适合你的孩子，所以不得不上来王婆卖瓜几句。
科大不适合很多人，不光难进，还很难毕业(今年起又降低强制退学的标准了)，主要学科都是理科，很多人看来没有前途，所以近些年名声不显。
但是科大的科研实力是不容任何人质疑的，尤其是以物理为首的理科。
科大一直是国内发科学杂志论文最多的高校，国内只有两所进了全球前一百。科大直接受中科院领导，科大各院院长很多就是中科院相关领域的院士。科大有国家级微尺度实验室，真正的被西方科学家追赶许多年的国际水平。科大的物理系以基础扎实能力出众闻名，最近全国疯传科大难度变态的物理考试可以从一个侧面说明。当然，我们还有最坚实的数学基础作辅助。
我们一向有理科类最好的生源，物理竞赛保送的天才神童比比皆是，我们也确实向世界输送了大量有扎实功底和开拓精神的科学家。我们培养出了美国最年轻的科学院院士，数不清的校友加入了各专业世界顶尖的实验室。在国际上还有哪所中国高校可以受到这么高的认可?科大的学生拿国外高校的全奖offer一向是最容易也是比例最高的。
如果你还有什么需要我可以以私人的名义给你寄一些资料，只是希望难得的一个喜欢物理的孩子能去一个真正适合他的地方。
当然最重要的还是你的孩子真的确定走物理这条路了吗?