一、职责不同
1、疾控中心：主要开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急、环境与职业健康、营养健康、老龄健康、妇幼健康、放射卫生和学校卫生等工作。
2、防疫站：食品卫生及预防疾病的机构。对各种传染病的控制和监测，并逐渐消灭了各种传染病的发展和流行。
二、成立时间不同
1、疾控中心：1983年12月23日，卫生部报请国务院批准，成立中国预防医学中心。1986年1月19日，中国预防医学中心更名为中国预防医学科学院。
2、防疫站：1953年1月26日，政务院第167次政务会议批准在全国范围内建立卫生防疫站。
三、作用不同
1、疾控中心：由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管的实施国家级疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。
2、防疫站：由于职能的变化，各级卫生防疫站在2002年开始，陆续分离出卫生监督所（局）后，改称为疾病预防控制中心（CDC）。至2004年，基本更名完成。卫生防疫站除在少数行业系统仍保留名称外，基本已不再使用。
扩展资料：
疾病控制的中心使命：
其使命是通过对疾病、残疾和伤害的预防控制，创造健康环境，维护社会稳定，保障国家安全，促进人民健康；其宗旨是以科研为依托、以人才为根本、以疾控为中心。
在卫生部领导下，发挥技术管理及技术服务职能，围绕国家疾病预防控制重点任务，加强对疾病预防控制策略与措施的研究，做好各类疾病预防控制工作规划的组织实施；
开展食品安全、职业安全、健康相关产品安全、放射卫生、环境卫生、妇女儿童保健等各项公共卫生业务管理工作，大力开展应用性科学研究，加强对全国疾病预防控制和公共卫生服务的技术指导、培训和质量控制，在防病、应急、公共卫生信息能力的建设等方面发挥国家队的作用。
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