康熙初年的政治形势
康熙幼年即位，他所继承的是一个饱经战火、经济凋零、国弱民贫、群雄逐鹿、四分五裂的国家基业。
康熙逐渐成年，首先擒拿鳌拜，夺取权力，消除了朝廷内部的隐忧，随即集中力量对付吴三桂、尚可喜、耿精忠等南方三藩，经过八年苦战，平定了吴三桂等三藩叛乱，趁着告捷余威，再次把注意力转向台湾。康熙统一台湾是战争与谈判交替使用的复杂过程，是力量、智慧与争取人心的长期斗争。
与台湾又战又谈
康熙元年（1662年）郑成功收复台湾，驱逐荷兰侵略者，不久即病逝，内部发生争讧。清朝乘机派使者，企图说服郑成功之子郑经归降清朝。郑经为了减轻压力，与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书、印玺。清朝要求台湾人众迁回内地，剃发易服，郑经不允，谈判未成。康熙二年（1663年），清朝出兵攻打郑氏据守在大陆上的最后一个据点厦门，郑经战败，退出厦门，逃奔台湾。清朝乘胜派舟师出征台湾，在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清王朝三藩未除，经济不稳，无力用兵海上。而台湾郑氏，土地初辟，人口甚少，生产落后，经济困难，急需大陆的粮食和物资供应。且郑部大多是福建人，离家日久，思恋乡土，私下渡海来归者络绎不绝。康熙六年（1667年），清廷派总兵孔元章，赴台湾议抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（《海纪辑要》），拒绝清朝的招抚。康熙亲政后，邢部尚书明珠奉旨入福建，主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。清廷做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升《台湾外记》）。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
此后发生三藩之乱，中原战火弥漫。郑经乘机与吴三桂、耿精忠勾结，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支，又退回台湾。清朝再一次争取谈判，郑经再次要求“请照琉球、高丽外国之例”，而康熙坚决不同意，双方各持自己的立场谈判又无结果。
决策选将
不久，郑经病逝，其子郑克嗣位。清廷讨论如何解决台湾问题，反对武力攻取台湾的人很多。康熙排除了众多反对意见，决定采取“剿抚并用”的方针，“底定海疆”。
台湾地处大海中，波涛万顷，作战需赖水师，满族将士娴习马步，而不习水战，必须另选将帅，训练士卒。李光地、福建总督姚启圣推荐施琅可当此重任。
施琅，福建晋江人，有勇略。早年为郑芝龙（编者注：郑芝龙为郑成功之父）部下，后随芝龙降清。郑成功将其父子兄侄一门杀害，结下深仇。施琅在福建与郑氏作战多年，了解台湾情况，熟悉水师机宜及海上风涛之变幻。他一贯主张攻取台湾，但因曾是郑氏部属、清廷并不信任他，把他安置在北京居住，投闲十三年。
康熙决定起用施琅，授福建水师提督。福建总督姚启圣只管后勤供应，与施琅和衷共济，保证了施琅出征的粮食和物资供应。
战斗与善后
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵两万余人，乘战船二百余艘出征。郑克则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，所率兵将战船与施琅相当。两军展开激战，历时七昼夜。施琅右眼负伤，游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进”（《清史稿》）卷二百六十一·兰理传）。澎湖大战，郑军大败。清军击沉敌船159艘，郑军死伤12000人，浮尸遍海，刘国轩仅率31艘船逃回台湾。
澎湖战败，郑克等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。800名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意，台湾民众“莫不解体归心，唯恐（编者注：今作惟恐）王师之不早来”（阮锡《海上见闻录》）。郑氏已无抵抗能力，于7月27日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。郑氏人众俱得妥善安置。台湾遂告统一。
康熙二十三年（1684年），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
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