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AD24XX，人类科技高度发展，进入星际殖民的时代。
殖民星自治者宣布独立，和地球联邦进入分裂分治的年代。
地球联邦与殖民星叛军展开长达几十年的星际人类内战。
为尽早平定叛乱而秘密诞生的“斯巴达II”计划（生化强化战士培育计划）和相配套的“雷神槌”计划（生化强化战士配套的智能防护作战系统）始动。
依靠斯巴达计划成功培育出来的强化战士的超强战力，地球联邦得以逐渐平定殖民星叛乱，真正的故事由此展开。
拥有远超人类科技的强大外星种族---星盟人（也译作“圣约人”）突然对宇宙各地的人类展开攻击， 宣称人类亵渎了它们的神灵，星际战争爆发。
人类军队远远不是其对手，宇宙间众多的人类殖民星球接连在外星舰队的残暴攻击下逐一沦陷、毁灭。
为了保护我们最后的家园---地球不被星盟人发现和受其毁灭性攻击，联邦政制订了最高法则：在受到外星舰队攻击时，任何人类的舰队都不得向地球的方位逃逸，所在舰只必须用超空间跳跃不经计算地盲跳逃离攻击。所有和地球相关的星际座标都必需事先销毁，哪怕是所有遇敌人员死亡，也不能把地球的方位暴露给外星敌人。
秋风之敦号在波江星系附近遇敌，以少敌众。在舰长的英勇指挥下，人类首次击毁了外星敌人的战舰，此战中斯巴达强化战士之一的士官长只身潜入敌舰英勇抗敌，居功至伟。但在星盟人支援而来的舰队持续强力攻击下，秋风之敦号为自保被迫进行了空间盲跳。
舰队盲跳至一个未知的星系，发现了巨大的环形人造星球（即光环），并登上了这个环形星球。
星盟人的部分舰只也接踵而至，和先期到达的人类在光环上继续展开较量。
随着时间的推移，士官长渐渐发现了光环的秘密：由“上古先知”打造的光环专为封印恐怖的宇宙生物“洪魔”而产生，并且宇宙间还有不止一个光环星球用于封锁“洪魔”。
“洪魔”被误放出，无论是星盟人还是人类都受到数量有如排山倒海般的“洪魔”攻击，为了生存和自保，人类和星盟人唯有暂时在光环上联合起来对抗“洪魔”。眼见局面渐渐要失控，士官长只有潜入光环核心地带引爆了第一个光环，将恐怖的“洪魔”杀死，同时得以成功逃离。
因星盟特混舰队的首领和士官长联手抵抗“洪魔”，并放跑了地球人的秋风之敦号，该首领被星盟的长老判为有罪，关押起来......
《光环3 终结之战》超震憾的故事剧情独家披露：
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星盟终于发现了人类最后的家园---地球的所在方位, 为了夺取“上古先知”在地球的非洲土地下面遗留的上古文明和能量, 星盟人组织了大量的军队全力向地球袭来, 向地球上生存的全体人类发动了最后的进攻, 因先前人类的星际殖民地在星盟人的残酷打击下逐一毁灭，因此地球上仅剩的人类唯有在地球这个最终的家园摆下了最后的战场, 誓死与自己的家园同存同亡！
在士官长英雄榜样的带领下, 人类的战士们浴血奋战, 弹尽粮绝...... 在被星盟军队重重包围的情况下, 士官长用尽了最后一丝搏斗的能量抗击, 终于因敌数量众多而不支，星盟头领抓获了受到重伤的士官长----此时的士官长已是全体人类心中真正的英雄和抵抗精神的终极支柱：曾经多少次在战场上以一挡千，曾经多少次凭一己之力做到力挽狂澜，他早已经成为人类抵抗外星强敌的精神图腾......就在人类绝望到想要放弃这最后抵抗的时刻, 事关生死存亡最后的时刻, 在众多星盟人得意的狂笑中, 士官长用最后的力量抬起了他作为人类战士那不屈的头颅，用最后的一点力量按下了手中紧握的那颗光子手雷, 与身边那位卡住士官长脖子张牙舞爪、狂妄炫耀的星盟首领和周围众多的星盟人一起同归于尽，化身火海......这一幕壮烈的场景深深地震憾了所有的人类战士们, 使他们重新燃起了抗争到底的斗志和对人类自身命运的抉择! 人类的战士们一边反抗一边奔走相告,相互鼓励：我们不能不战而亡! 不能坐以待毙! 要勇敢地战斗, 活下去! 我们一定能够活下去! 正是依靠士官长悲壮牺牲带来的强大精神力量, 终于激活了宇宙先知埋藏于非洲土地下长达几万年的上古文明设施，释放出上古文明隐藏的巨大能量，最终击溃了星盟人对地球的进攻......
活下来的人们后来为这场星际战争立下了一座英雄纪念碑，上面刻着全人类想要对士官长说的话： “你用永不屈服的精神激励了我们，带给人类最后生存的希望，作为全人类最强的战士，你永存在我们的心中！谢谢你，约翰。”
关于士官长的秘密:
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士官长的真名叫John, 六岁时被哈尔茜博士主持的"斯巴达II"绝密军事计划(生物强化再造战士计划)挑中, 经过长期的强化改造和训练, 成为了一个名符其实的战争机器(思维\速度\力量\技巧运用\进攻\防御\抗打击能力均远超正常人类,一般特种部队的精英战士也根本不是其对手!), 因其训练水平\作战水平和领导才能均突出于其他的斯巴达计划强化战士, 被任命为斯巴达战士的士官长......他们这群特殊的精英战士起初被地球军方面用于殖民星平叛, 因作战实力超级强悍, 几乎可以说没有任何人类是他们的对手......斯巴达战士们因此取得了异常煌辉的战绩, 从而在地球方面声名远播, 但基本上几乎所有人只听过他们的名字,知道他们的战绩,却从没能见过他们......
后来星盟人向人类发动进攻, 人类节节败退, 大战役不断惨败, 却能依靠这群斯巴达改造战士取得一些局部战役的胜利, 而仅有的这一小群超级王牌战士也在残酷的星际战争中不断的战死, 到后来几乎只剩下士官长一人,带领着全人类奋勇反击......
建议你去看看官方小说，一共三本，中国有卖，写的很好，与游戏情节是一样的
关于 新亚电玩成都店 的 光环3 终结之战应该是玩家根据HALO3.COM中BELIEVE自己创作的，其实士官长没死 在HALO3中方舟毁灭后他和科塔娜都活了下来
HALO3传奇难度通关后的隐藏动画中 他们的冷冻仓最后来到了一个高科技的行星（好像是先驱者的遗迹）
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