自1991年的海湾战争起,这款尖端的巡航导弹就一直是美国战事的关键组成部分。按照海军的说法,在那场战争中,它们的部署获得了“极大成功”。
开战前美国有大约900枚BGM-109C与100枚BGM-109D,另外有60枚潜射型陆攻C型导弹由麦道公司紧急修改,提升内部的燃料携带量,使得攻击潜艇可以在较远的距离发射。
美国海军使用包括提康德罗加级巡洋舰、阿利伯克级驱逐舰、洛杉矶级核潜艇及爱荷华级战舰等13艘水面船舰与至少两艘潜艇上发射的“战斧”导弹攻击伊拉克的陆上目标。
在整场冲突当中,一共使用了291枚“战斧”导弹攻击各类地面目标,发射成功率是95%,命中率是85%。许多“战斧”导弹的攻击计划是安排在侦察卫星通过目标区之前的一个小时命中目标,这样就能够能过卫星取得攻击效果的评估资料。如果目标区天气状况不佳,无法使用导引武器时,也会改以“战斧”导弹取代有人飞机。
1991年与伊拉克的武装冲突结束之后,美国仍数度使用“战斧”巡航导弹攻击伊拉克境内的目标。1993年1月17日美国发射45枚导弹攻击伊拉克的核设施,摧毁大多数的建筑。一枚导弹在发射过程中无法转入巡航飞行模式而自行催毁,一枚在巴格达被击落,3枚没有命中目标。
1993年6月,美国为了报复伊拉克企图暗杀已卸任的乔治·沃克·布什总统而再度使用22枚导弹,其中3枚未击中目标。
1996年9月,美国海军发射14枚导弹攻击6处目标,第二天再度发射17枚导弹对付4处目标,命中率约90%。
1998年的沙漠之狐行动中,美国动用325枚“战斧”巡航导弹,其中292枚命中预定目标。