元代两次招抚台湾没有结果，但在澎湖却有建置，设立了巡检司，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。元代澎湖巡检司设置于何时?目前学者有不同意见，尚无定论。据元人汪大渊的《岛夷志略》说：“至元间，立巡检司。”但元代有两次“至元”年号，一为元世祖的“至元”(1264—1294年)，一为元顺帝的“至元”(1335—1340年)。《岛夷志略》所谓的“至元”，是指哪次“至元”而言?清代所修的台湾地方志，大都指出元代澎湖巡检司设于元朝末年。如范咸的《重修台湾府志》说：“至元末，置巡司。”谢金銮的《续修台湾县志》说：“元之末，于澎湖设巡检司，以隶同安。”鲁鼎梅主修的《重修台湾县志》说：“元末置巡检司于澎湖。”林豪原纂、薛绍元删补的《澎湖厅志》说：“元末置巡司，属同安县兼辖。”清人顾祖禹的《读史方舆纪要》福建“澎湖屿”条也说：“至元末，置巡司于此。”若参照这些记载来看，《岛夷志略》所谓的“至元”，应是指元顺帝的“至元”而言，顺帝的“至元”自是元末了。 元末顺帝年间，汪大渊两次附搭海船，到南洋一带游历数年，在至正九年(1349年)，就其亲所见闻，写成《岛夷志略》一书。书中记述“琉球”说，特产有沙金、黄豆、黍子、硫黄、黄蜡、鹿、豹、麂皮等。而“贸易之货”，有“处州磁器”之类，“海外诸国盖由此始”，可见当时台湾与大陆之间已有贸易联系，大陆往来各国的商舶时常经过台湾。汪大渊曾登上极高峻的峙山，观海潮，望日出。其所登的峙山为今日台湾何山，诸家说法不一，总之是台湾西海岸的某山。书中又记述“彭湖”说，“岛分三十有六”，“泉人结茅为屋居之”，人多长寿，男女皆着布衣，地产胡麻、绿豆、山羊数万成群。观此光景，泉州人移居澎湖已经不少。
明代澎湖巡检司的辖区，扩大到台湾本岛。当嘉靖四十二年，海上武装集团头目林道乾盘踞台湾时，明将俞大猷即派兵到鹿耳门巡哨；万历三十年（1602年），明将沈有容率部入台清剿倭寇巢穴；明末天启年间（1622－1625年），朝廷派兵驱逐入侵澎湖的荷兰殖民者。 台湾第一座寺庙马公妈祖宫（始建于宋元时期，明嘉靖和万历年间两度重修）。
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