第一他们的位置不同常染色体遗传基因位于常染色体上 性染色体遗传基因位于性染色体上。 常染色体显性遗传特点为男女患病比例一样，子代患病亲代一定有患病的，常染色体隐性遗传男女比例相同，子代患病父母不一定患病，出现隔代遗传的现象。 y染色体的遗传出现为不分显隐性，出现代代遗传传男不传女，x染色体遗传显性遗传女患者多于男患者，儿子患病母亲一定患病，女儿患病父亲一定患病，隐性遗传男患者多于女患者，儿子患病基因一定来自于母亲，体现交叉遗传。
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