在工程投标时有个别清单项内容与招标文件中清单不符，合同签订正在施工甲方要求扣除不符项工程量合理吗？

你好！从你的描述来看，该工程招标时应该是采用工程量清单报价。首先，我们严格的从《合同法》及《招标投标法》的规定来看， 由于招标行为本身属于要约邀请，因此，作为招标文件主要组成部分的工程量清单在招标阶段即作为招标说明书或者投标邀请书的附件被招标人发出的阶段，并不具有法律效力；但一旦工程量清单经投标人填报价格后成为报价表，则填报价格的工程量清单即成为要约：如果招标人通过中标通知书的形式对有报价的工程量清单予以确认，则工程量清单中的报价即当然成为招、投标双方未来订立的合同条款，当事人双方均不得随意变动。现在你不仅确定为中标人并且都已经按照投标报价金额签署合同，单纯从法律角度上来讲，甲方无权再对该项单价价格进行“扣除差价”的更改行为的。

但是，从实际操作上来讲，我建议你不要太死板，要灵活一些，并且眼光放长远，本着“诚实守信”的原则，和建设单位友好协商，根据实际施工到底需要是“钢混”还是“砖混”结构来定这个单项价格，必要的时候同意扣除差价（可利用招标方的失误协商适当的减少点差价），只有这样，这个合同双方才能友好的履行下去，达到双赢。

还有一个情况没有说明：你的投标文件是将招标文件工程量清单中所列的砖混结构污水检查井清单子目修改为钢筋混凝土结构污水检查井清单子目进行报价的？还是招标文件工程量清单中所列的砖混结构污水检查井清单没动，只是在清单报价时按钢筋混凝土结构报价？