按照惯例,通关后仍可以继续玩下去,而且只要捉到60种妖怪就可以到博士那里换386版的图鉴。然后来到四天王的地方想赚点外快(大家都有这个习惯吧),没想到不让进,说是一某个天王失踪了,没办法。
来到クチバ市,从这里的港口坐快艇可以到达新岛,在第一座岛上的PC屋内和博士谈话后,来到抓火焰鸟的岛上,在如口处回发现两个火箭队员,打败他们后进入山洞。在山洞有很多大石头挡道,必须将其推开(感觉在玩搬运工),在山洞的深出矗立着几块石板,上面写有奇怪的文字(不用去管他)。在下面一层发现了红宝石,拿到后回PC屋的博士那里,把红宝石交给博士后。但是据博士说,想让机器发动还需要蓝宝石,于是到港口坐快艇来到第4座小岛。
刚一踏上小岛,劲低又出现了,不过这次并没有和主角交手(识时务)。在岛上也有妖怪寄养所,而且可以养两只,放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。从小池塘上游过进入冰天雪地的山洞,不断的踏冰溜冰后终于得到了07号秘传机,这样就可以从瀑布逆流而上了。在山洞深处撞见冰天王被火箭队围攻,二话不说立刻冲上去解围。救出冰天王后来到码头座快艇去第5个小岛。
在第5个岛上干掉几个火箭队的杂碎,可以他们的基地进不去(门上那么大个R字,应该是吧)。到处逛逛发现没有特殊事件,还是坐快艇去第6座小岛吧。来到底 6座小岛后往南走,在岛的最南边有一善大门,使用01号秘传机技能能将门砍碎(必须自己手动使用)。来到洞内后要选择正确方向的洞跳入,不然就只能回到第一层(上,左,右,下)。来到洞底发现蓝宝石,此时火箭队的研究人员突然出现抢走了蓝宝石。根据推测,他一定是逃回了第5座小岛的基地中,不过此时门还没有开。还上先去第7座小岛吧。
岛的北面有座塔,主角可以一层层的挑战,里面的训练员都非常强(同红蓝宝石中通关后的地方,不过自由度高了不少)。岛的东南边有一个遗迹,这里可以抓字母妖怪安农,为了完成图鉴慢慢抓吧。
现在回到第5座小岛上,发现火箭队的基地的门已经开了。基地里面到处都是转啊转的机关,头晕啊。不过多转转就能转到研究员那里,问他要回蓝宝石后回到第一座岛的博士那里,机器就可以正常运作了。这台机器可以和NGC通讯。
然后来到ハナダ市,顺着河流来到ハナダのどうくつ山洞,山洞深出终于找到了传说中的妖怪超梦,实力非常强,一定要抓住啊。
现在四天王那里可以继续无限训练了,剧情到此也告一段落。