1S和1ms是相差1000倍，你出示的波形不能说明问题。
有一种可能：你将你这个图形的1/1000，放在上升沿处，一定是方波。
我用你的图，按比例作图，红框中的部分一定显示出是方波。
不是 单片机 的问题， 也不是 示波器 的问题。
是 示波器 测量 方法问题，给出的 波形 说明 是正常的。
只是示波器 在 交流 或者 脉冲 测量状态 的 响应速度问题。
如果 示波器 的其它 参数都不要变，打到 直流测量状态，显示的 波形 就是方波了。
当然只要示波器有直流测量功能。
在示波器上测量周期这么长的1S的脉冲，如果用直流档的，充其量也就能看到一条线上下忽闪忽闪的，最多加上一个上升边沿或下降边沿。如果用交流档的，变形在所难免，除非用低频示波器。所以问题出在示波器上的可能性较大。
不用示波器，1S的方波用万用表一样可观察（最好是指针的）。
从波形看，应该是示波器探头、交直流档位选择、耦合方式有关。
1s方波硬件与软件的设计很简单，一般不会有什么问题吧，考虑示波器失真
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