我也碰到这样过。我采用的是利用：FileStream 分段读取文件的大小（方法： int readLength = fs.Read(buffer, 0, lastReadBits); ）。
这个是分段读取数据内容。当然，你把文件的内容都保存到内存里也是不行的。最好是每段内容读完就存到数据库里，或去运算完就删除了。还要定时清理内存中的垃圾。
用字节流读取的话不会出问题的，估计是你使用了MemoryStream 等内存函数，可以一部分一部分的读取到相应的字节数组中做缓存
按需读取
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