发生在武帝晚年的巫蛊案，是西汉时期非常重大的历史事件。此案引起了汉武帝晚期政治的重大转变。但是，为什么会发生此案，则一直扑朔迷离，异说纷纭，成为武帝一生历史中的一个巨谜。宋洪迈《容斋续笔》即云：“汉世巫蛊之祸，虽起于江充，然事会之来，盖有不可晓者。”
什么是巫蛊？“巫蛊”二字历来不见达诂。说者或牵扯《易》之蛊卦，（易卦之蛊，乃故老之故的借文，与巫蛊并不相干。）皆妄不足论。蛊，即蛊惑。蛊之古音通鬼，（《说文》：“臬桀死之鬼亦为蛊。”）又通诅，是一种诅咒之术。所谓“巫蛊”，即巫鬼之术或巫诅（咒）之术也。《汉书》谓巫蛊起自胡巫。巫蛊之术，其源实来自匈奴民族所信之萨满巫术。（萨满，女真语，指巫师巫术。《三朝北盟会编》：“珊蛮（萨满）者，女真语巫妪也，以其变通如神。”其来源则甚古老，为北狄、东胡（通古斯）民族所普遍信仰。）
巫蛊之术的具体方法，就是以桐木制作小偶人，上面写上被诅咒者的名字，生辰八字等，然后施以魔法和诅咒，将其埋放到被诅咒者的住处或近旁。行此术者相信，经过这样的魔法，被诅咒者的灵魂就可以被控制或摄取。
战国晚期及汉代，由于民族的迁移与混合，巫术之风浸染中原，逐步由下层流行至上层。战国后期著名的邹衍就是一位大巫。武帝时的大儒董仲舒著《春秋繁露》，书中也有五行及祈雨巫术。儒家一向以理性见称，但汉儒则多信巫术。可见其时巫风浸润之广。武帝元光年间，皇后陈阿娇失宠，曾使用巫蛊之术诅咒其情敌卫子夫。武帝觉知后将她废黜，女巫楚服及宫人牵连被诛者三百余人。（ 《史记·外戚世家》记载，“（陈皇后）闻卫子夫大幸，恚，几死者数矣。上愈怒。陈皇后挟妇人媚道，其事颇觉，于是废陈皇后，而立卫子夫为皇后。”所谓“挟妇人媚道”，司马贞《索隐》：“《汉书》云：‘女子楚服等坐为皇后咒诅，大逆无道，相连诛者三百人。’”）但其案影响尚较小。
而起于征和元年十一月的巫蛊之祸，则延绵数年，牵连诛死者有皇太子、卫皇后，公孙贺及刘屈氂二丞相，诸邑、阳石二公主及三皇孙，还牵涉到许多公卿大臣和重要人物，如江充、韩说、章赣、苏文、石德、赵破奴、任安、暴胜之、田仁、朱安世、商丘成、张富昌、李寿、马通、马何罗、景建等，都城长安在这次政治动乱中致死者数以万计。其结果，导致了汉帝国统治上层一次严重的政治危机，酿成武帝后期政局空前之巨变。
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巫蛊之乱的发生，包括四个阶段：
（1）酝酿和准备
（2）事件的触发
（3）矛盾激化为京城动乱
（4）平反与清洗
武帝天汉年间，国内流行疫病。这种疫病最初可能来自匈奴发动的生物战。由于汉武帝不断对匈奴发动大规模战略进攻，匈奴王庭远迁漠北。为阻挡汉军，匈奴使用“胡巫”的萨满巫术。这种巫术的“诅军”方法之一，是将疫马、牛、羊埋到汉军经过的水头水源上，或将染有烈性病毒的疫马施放给汉军，使汉军人畜染疫。（《汉书·西域传》及注）疫病随归师传回长安。一代名将霍去病在28岁的青壮之年早夭，肯定是由于染上了不治的疫病。（元狩年后，匈奴连续数位单于均以青壮年短命早夭，可能也是死于疫病。汉昭帝也仅二十一岁就病死。）
武帝中后期以后疫病流行国中。（张华《博物志》记：汉武帝时，弱水沙土西国有人乘毛车以渡弱水来献香者，帝谓是常香，非中国之所乏，不礼其使。留久之，帝幸上林苑，西使千乘舆闻，并奏其香。帝取之，看大如燕卵，三枚，与枣相似。帝不悦，以付外库。后长安中大疫，宫中皆疫病。帝不举乐，西使乞见，请烧所贡香一枚，以辟疫气。帝不得已听之，宫中病者登日并差。长安中百里咸闻香气。）汉宫人多染疫者。武帝晚年也染疫多病。“上春秋高，意多所恶”，又 “以为左右皆为蛊道祝诅。”怀疑自己中了巫蛊之术。
《汉书·武帝纪》记：天汉二年（公元前99年），“秋，止禁巫祠道中者，大搜。”所谓“大搜”，臣瓒以为：“‘搜’，谓索奸人也。”晋灼注：“搜‘巫蛊’也。”
巫蛊之案是在疾疫流行的这样一种背景上发生的。
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巫蛊之案的第一个受害者，是战功卓著的名将公孙敖家族。公孙敖是卫青好友，参与过多次对匈奴远征，封侯。太始元年春正月，公孙敖坐妻为巫蛊，腰斩。
征和二年（公元前91年），又有人举报丞相公孙贺的儿子公孙敬声以巫蛊之术诅咒皇帝。
公孙贺武士出身，青年时代是卫青的好友，曾多次追随卫青征伐匈奴，以战功封侯。他娶卫子夫之姊君孺为妻，与汉武帝有连襟之亲，因而一度深受重用。先为太仆，太初二年（前103年）继石庆为丞相。而他的儿子公孙敬声则接替了其太仆的职务，父子并居公卿位，一时宠贵莫比。
但公孙敬声“将家族亲贵之势”，“骄奢不奉法”，擅自挪用“北军钱千九百万”，案发后被捕。公孙贺向武帝请求以立功赎子罪，自请追捕早被通缉但一直未归案的阳陵大侠朱安世以交换儿子。
朱安世被公孙贺捕得后，仰天大笑，说：你杀我一个，我灭你一族。于是自狱中上书首告，“举报敬声与阳石公主私通，及使人巫祭诅上，于皇宫甘泉驰道埋偶人，祝诅皇帝有恶言。”
根据举报，武帝诏公孙贺全家“下有司案验于皇宫，穷治所犯。”
这就是巫蛊之案的缘起。受公孙贺之案牵连的有诸邑公主、阳石公主以及卫青的儿子长平侯卫伉。
“征和二年春正月，丞相贺下狱。”“父子死狱中，全家灭族”。（《汉书 公孙贺传》）公孙贺妻是卫皇后之姊、是卫青的姐夫。阳石公主是武帝与卫皇后所生的女儿。数月后，卫皇后女“诸邑公主、阳石公主皆坐‘巫蛊’死”。
公孙贺一案，遂成为点燃巫蛊大案和长安政变的导火索。
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在纠治公孙贺案时，武帝已染病。“时上疾，避暑甘泉宫”，长安“独皇后、太子在”。但是，武帝却不信任他们，而把纠治公孙贺案的责任，全权委托给了新任丞相刘屈氂和御史章赣。具体察办此案的则是一个政治背景复杂可疑的宠臣江充。
江充是赵国邯郸人，本出身于市井无赖。年轻时他将貌美的妹妹嫁给赵太子刘丹而成为赵王的座上客。后又与赵太子发生龌龊，即入长安诣阙举报太子丹有种种不法事。
武帝劾治刘姓诸王及家属极严，根据江充的举报，赵太子获罪死狱中。汉武帝赞许江充，任命他以谒者的官职出使匈奴。出使前武帝曾问他出使时作何计划，他说一切随机应变。江充在匈奴中活动了近一年。归后得到重用，武帝委任他担任钦差无定所的检查官“直指绣衣使者”，负责京师治安，“督三辅盗贼，禁察逾制”。
在任上，江充严厉劾察亲王贵戚及其子弟，敢于碰硬，因此深得武帝赏识。“上以充忠直，奉法不阿，所言中意。”例如，江充曾将在驰道中奔驰的武帝之姑馆陶长公主的车骑“尽劾没入官”。又曾惩办在御用驰道中疾驰的太子家使。太子亲自出面说情，江充也不给面子。
公孙贺案结束后，武帝为疫病所困，长居远离长安的甘泉宫中。江充目睹武帝已年老，怕他死后太子继皇位报复自己，在丞相刘屈氂的支持下，决定借公孙贺一案罗织陷害太子和卫皇后。《汉书·江充传》记：“（江充）奏言上疾祟在‘巫蛊’”。“于是上以充为使者治巫蛊。”他面见武帝，说武帝生病的原因是由于遭受巫蛊。于是武帝授权江充成立专案，对“巫蛊”作进一步调查。
案子愈查愈大，以致武帝“疑左右皆为蛊祝诅”。江充乘机指使胡巫檀何欺骗武帝说：“皇宫中大有蛊气，不除之，上疾终不差（病不愈）。”武帝相信其言，指令江充入宫穷治，又派按道侯韩说、御史章赣、黄门（宦者）苏文等协助江充督办。
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江充接受在长安大规模调查“巫蛊”一案的指令后，“知上意”久已不满卫氏集团，于是任用了一批来自匈奴和西域的“胡巫”。值得注意的是，这些胡巫多来自汉朝的敌国匈奴。“胡巫”与江充相勾结，罗织陷害，株连牵引数万人，通过查“巫蛊”，把一个长安城搞得乌烟瘴气。最终，则将调查矛头引向皇宫中的卫太子和卫皇后。《汉书》记：
“充将胡巫掘地求偶人，捕蛊及夜视，视鬼，染污令有处，辄收捕验治，烧铁钳灼，强服之。民转相诬以巫蛊，吏辄劾以大逆无道，坐而死者前后数万人。”
江充亲自带领胡巫入宫搜查。“入宫至省中，坏御坐掘地。”“充先治后宫希幸夫人，以次及皇后、太子宫，掘地纵横，太子、皇后无复施床处。”
结果，江充果真在太子宫中掘出了桐木人和写有咒语的帛书，他得意洋洋地宣告：“于太子宫得木人尤多，又有帛书，所言不道，当奏闻。”
其实，太子宫及皇宫中所发现的巫偶，全部都是江充指使胡巫及宫人所预先设置。《汉书》颜师古注引“《三辅旧事》云：‘（江）充使胡巫作而埋之。’” “张晏曰：‘（江）充捕巫蛊及夜祭祠祝诅者，令胡巫视鬼，诈以酒辍地，令有处也。’师古曰：‘捕夜祠及视鬼之人，而（江）充遣巫污染地上，为祠祭之处，以诬其人也。’（《汉书·武五子传·戾太子刘据》记：
“（江）充典治‘巫蛊’，既知上意，白言宫中有蛊气，入宫至省中，坏御座掘地。上使按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等助充。充遂至太子宫掘蛊，得桐木人。”王先谦《汉书补注》：“掘得桐人六枚，尽以针刺之。”）
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眼看冤案就要罗织到自己和母亲卫皇后身上，太子情急，乃征求左右幕僚的意见。太子少傅石德劝刘据诛杀江充。他说：
“先前的公孙贺父子、两位公主及卫伉家人都已受陷害被杀。现在胡巫又来陷害太子，已挖到了木偶。皇上不会知道这是胡巫所设置，会认为我们真在诅咒他，我们无法自白洗清。我们与其坐而等死，不如动手杀掉江充和胡巫。难道太子忘掉前朝秦始皇的太子胡亥受冤屈而死的事情了吗？”
〔“前丞相父子、两公主及卫氏皆已坐此，今巫与使者掘地得征验，上不知巫置之邪，将实有也，无以自明。
汉武帝被江充蒙骗诛杀了戾太子全家只婴儿时期戾太子之孙活了下来，后来这个婴儿被霍光扶上帝位.成了皇帝就是汉宣帝刘询
西汉汉武帝末年
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