玉米是异花授粉作物，花粉量大，并能随风扩散，异花授粉率在95%以上，极易发生串粉混杂，隔离是玉米种子生产中保证种子质量的一条重要防线。因此，亲本自交系繁殖和杂交种配制都必须设置隔离区，即在玉米制种区四周规定范围内，不种或错期播种其他玉米，防止异系或异品种的花粉传入制种区，引起串粉混杂。
自交系原原种繁殖区的空间隔离距离应达到1000米以上，自交系原种繁殖区的空间隔离距离应达到500米以上，单交制种田要求隔离区与其他玉米地相距300米以上，利用时间隔离要求春播制种地应与其他玉米地播期错开40天，夏播错开30天以上。
配置一个玉米杂交种所需的隔离区数目因杂交种的类别而不同。配套繁殖一个单交种需要设置3个隔离区，即2个亲本自交系繁殖隔离区和1个单交制种隔离区。配套繁殖一个三交种，需要设置5个隔离区，即3个亲本自交系繁殖隔离区、1个单交制种隔离区和1个三交制种隔离区。配套繁殖一个双交种，需要设置7个隔离区，即4个亲本自交系繁殖隔离区、2个单交制种隔离区和1个双交制种隔离区。
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