红宝石：3神兽当中只能抓住古拉顿和烈空座。
蓝宝石：3神兽当中只能捉住盖欧卡和烈空座。
绿宝石：3神兽都可以抓，一开始只能捉住烈空座，通关后根据天气研究博士的天气异常预报，可以在相应地点捕捉到相应的两只神兽。
其他不同点：红宝石对抗熔岩团，蓝宝石对抗水战团，绿宝石两个都对抗，难度稍大。红/蓝宝石船票能去因特镇，而绿宝石是去战斗边疆。红/蓝宝石的流程都相差不大，毕竟是同一时间出的，而绿宝石后出，所以更具有吸引力，多了一些人物，甚至出现了口袋领航员等机器，值得去玩耍，是一款不错的游戏。
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