土地增值税清算，是指按照土地增值税的计算方式，计算土地增值税，并对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。
如果未满足土地增值税清算条件，一般来说，可能土地增值税只是暂时按收入比例预交。清算时，填土地增值税申报表后，按“清算应交土地增值税款-已预交土地增值税款”交税。
在案例一中，尚有4500平方米的房屋未销售，但未销售面积比例仅占总可供销售面积比例的10%，即实际已销售面积达到可供销售面积的90%。而按土地增值税清算的相关规定，当销售面积达到总可售面积85%以上时，即应进行土地增值税的清算。所以，此时应进行土地增值税的清算。而计算增值额时，相关总成本中，实际销售的只占90%，所以要用开发可售房产总成本*90%来计算相应已销售房产成本，从而计算增值额。
在案例二中，尽管销售面积只占总面积的80%，但剩余20%已投资入股某酒店，应视同销售，所以，此时计算土地增值税时，相应可扣除成本应为开发可售面积的100%，就没有必要再乘以80%的比例了。何况，如果只考虑80%的比例，尚不满足土地增值税清算85%的比例条件。
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