第三阶段自康熙十七年八月至二十年十月。康熙十七年，吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世王番继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军恢复。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年十月，攻下省城昆明。吴世王番势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
