A、人工诱变育种的原理是基因突变，能改变基因结构，但不能缩短育种年限，A错误；B、可用诱变育种法改良缺乏某种抗病性的水稻品种，B错误；C、三倍体西瓜不能形成正常的配子，这是由于减数分裂时联会紊乱，C错误；D、大多数染色体结构变异对生物不利，但也会出现少数优良性状，在育种上仍有一定的价值，D正确．故选：D．
