对ipad没影响。但是你下次同步的时候如果原有程序不在了 一同步就会移除itunes上面没有的但是在ipad上面的程序。推荐itools可以实现单个软件安装 而不用itunes全部同步就可以安装软件了。希望我的回答对你有帮助
删除ipa文件对电脑本身没有影响,但是你下次同步会比较麻烦。