股权转让但未向工商部门变更登记，转让协议有效吗

股权转让未办理工商变更登记是有效的。
股权转让协议，如系双方当事人真实意思表示，且内容并未违反法律规定，即合法有效，双方当事人均应依约严格履行。未进行工商变更手续，并不影响合同的效力。
根据《合同法》第44条的规定：“依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。”据此，股权转让人与受让人意思表示一致合同成立，在没有其他法律法规规定应办理登记手续才能生效的情况下，他们的之间的股权转让也就发生了法律效力。所以，股东之间，股东与非股东之间进行股权转让可以直接适用《合同法》。
《公司登记管理条例》第三十四条虽然要求有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。但股东转让股权没有按期进行变更登记，工商部门只是依据《公司登记管理条例》第六十九条责令限期办理或被处以行政罚款，但并不能够否认新股东(受让人)享有的股权。股东变更登记其实只是工商部门对公司进行的一种工商行政管理行为，它本身只具有确认股权转让的功能，而不决定股权转让是否有效。
工商登记只是种对外公示的行为，起到对抗公司以外的第三人的效力。
综上所述，工商变更登记与否不影响股权转让的效力。