一个基因究竟决定几个蛋白质

还是针对你的问题回答吧：
转录的时候只转录一条链，另一条链是根本不会转录的。你自己心里清楚，序列互补的两条mRNA绝对不可能翻译出相同的蛋白质。事实上，转录时负责催化合成mRNA的RNA聚合酶，能够识别DNA某一条单链上的保守的起始位点，从而确定以该条DNA链，而不是它的互补链为模版进行转录。

mRNA上虽然可能有多个AUG三联体序列，但是起始的具体位置实际上是由起点AUG上游的一段能够被核糖体RNA识别的序列决定的。翻译起始时，核糖体先识别那段保守序列，然后把该序列下游出现的第一个AUG装配在核糖体上，开始翻译。

具体到一条mRNA能够转录出多少种蛋白质，对真核生物来说只可能是1种，而对原核生物来说则可能有多种。
原核生物的一条mRNA能有多个起始位点；而且还观察到有一些终止密码不能行使终止作用（这些生物体内在有些情况下为终止密码也编码了氨基酸！！！），从而翻译处多种蛋白质。
对真核生物，因为mRNA的特殊修饰结构，一条mRNA只能在5'端的一个位点被核糖体识别，因此只能翻译出一种蛋白质。但这不意味着一个基因只能编码一种蛋白质。因为真核生物转录后得到的RNA，需要经过拼接除去内含子、修饰、编辑等过程才成为成熟的mRNA。一个基因虽然只能转录出同样的RNA，但是经过不同的拼接、编辑、修饰（例如某个内含子有时被切除，有时却得以保留），就可以变成不同的成熟mRNA，从而转录出不同的蛋白质。

你对于等位基因的认识，也有一定问题。显性基因之所以为显性，只因为显性基因表达后得到的蛋白质对于性状起到决定性作用。基因组计划确实研究的是人类所有基因，但不关注每个基因“可能有几种”这样的问题，而是从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。

总之，看不大懂你问题中的逻辑关系，但感觉你似乎对很多基本知识还很不了解，感兴趣的话多看看书吧。希望回答对你有所帮助

DNA片段基因中的双连中一条转录成连mRNA,另一条转录成tRNA，tRNA经修饰后呈熟悉的三叶草形（少数为二叶草形）
mRNA的起始是5’的AUG（真核）或GUG（原核）
一个mRNA对应一条肽链
基因组计划研究的是人类共有22+2条染色体,而由于人与人之间的基因差异微乎其微，因此只针对有限个个体

DNA片段基因中的双连中一条连转录表达，而另一条不表达。所以我认为你前面说的不对。而后面的推论我认为基本是对的。基因组计划研究的是人类共有的3亿对基因。并不是针对某一个体。