1、分公司是独立法人的：
分公司注销，总公司贷记长期股权投资，并对损益确认，在投资收益里面体现。计提长期股权投资减值准备的，一并冲减结转。
往来账也要清理，不能收回的计入坏账损失
2、分公司不具备独立法人资格的，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。
但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理。
总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。
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