SSR锚定引物是指什么，有不锚定的引物吗？

所谓锚定一般在第一次的引物的基础上后退部分碱基再设计的引物,所以锚定引物连在5’端或者3’端就好理解了.可以参考下面内容对锚定引物的应用.

1. 差异显示技术(mRNA differential display reverse transcription chain reaction, DDRT-PCR) 指在不同的生长时期、在个体的发育与分化的不同阶段、在生物体对疾病的反应以及不同的环境下调控基因的表达是不同的，这就是基因的差别表达（differential expression）。原理：利用两组特殊的引物对差别表达的基因进行扩增。3’端引物：利用mRNA的poly A尾巴设计。根据mRNA结构分析知道，poly A尾巴之前的两个碱基只有12种可能的排列组合：根据这12种排列组合，设计12种不同的引物，这样就将所有mRNA分成了12组。这些引物由11~12个T及两个其它的碱基组成，用通式5’-T11MN或5’-T12MN表示，M为A、G、C的任一种，N为A、G、C、T的任一种。这种引物称锚定引物。5’端引物：5’端为10个碱基（10-mer）组成的随机引物。每一个随机引物都可能与总mRNA中的某一些分子发生杂交，杂交位点也可能在mRNA的不同位点上。用一种3’锚定引物和一种5’随机引物进行扩增，可获得50~100条100~500bp的DNA扩增带。为了要寻找更多的DNA差异带，应使用全部的12种锚定引物以及尽可能多的5’随机引物。

什么是锚定引物 锚定引物是在扩未知序列（RACE或genome walking）时，与未知序列一侧结合的引物，基本都是试剂盒里自带的