二者主要区别在于：
工程竣工验收单是工程验收活动的记录，内容主要涵盖参与验收工程的内容、验收检查的情况，施工方、监理方、建设方的验收意见。
工程竣工验收鉴定书，主要突出鉴定，是对某一工程完成竣工进行验收的综合评价，验收鉴定书是责任追究的依据之一。
