《中华人民共和国行政处罚法》和《医疗机构管理条例实施细则》有矛盾。。。

没有什么为难的，我给你解释。
一、关于行政复议期限
1、《行政复议法》第九条： 公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。
2、《医疗机构管理条例实施细则》第八十四条第一款： 当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到《行政处罚决定通知书》之日起十五日内向作出行政处罚的上一级卫生行政部门申请复议。上级卫生行政部门应当在接到申请书之日起三十日内作出书面答复。
3、《立法法》第七十九条第一款：　法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。
结论：《行政复议法》是全国人大制定的法律，而《医疗机构管理条例实施细则》是卫生部制定的部门规章，二者不一致时，申请复议时限只能适用“上位法”即《行政复议法》的规定，“在60日内提出复议申请”。
二、行政诉讼期限
1、《行政诉讼法》第三十九条： 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起三个月内提出。法律另有规定的除外。
2、《医疗机构管理条例实施细则》第八十四条第二款： 当事人对行政处罚决定不服的，也可以在接到《行政处罚决定通知书》之日起十五日内直接向人民法院提起行政诉讼。
3、《立法法》第七十九条第一款：　法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。
结论：《行政诉讼法》是全国人大制定的法律，而《医疗机构管理条例实施细则》是卫生部制定的部门规章，二者不一致时，提起诉讼时限只能适用“上位法”即《行政诉讼法》的规定，“在三个月内提出”。

这是中国行政立法的一个特色，政府部门的立法往往违反上位法的规定，且对此类法规长期不加以清理。根据立法法及相关法理，法律的效力绝对高于政府规章，因此当实施细则与处罚法规定不同时，只能适用处罚法的规定。最高法院在行政诉讼法解释对规章的效力也作了规定（六十二条），即规章只有在合法有效的前提下才能被引用。

　　《中华人民共和国行政处罚法》与《医疗机构管理条例实施细则》有矛盾，后者应当服从前者。
　　根据立法法及相关法理，法律的效力高于政府规章，因此当实施细则与处罚法规定不同时，只能适用处罚法的规定。最高法院在行政诉讼法解释对规章的效力也作了规定，即规章只有在合法有效的前提下才能被引用。