有很多种方法，不过要根据你的实际情况选择：
方法一：
自己写程序，并且通过Quartz框架做成定时器任务，然后时间一到，你的程序就可以执行了。你的程序通过对两个连接的数据库进行操作，完成从一个连接中查询数据，更新到另外一数据库中。这样的JDBC程序很好写的。
方法二：
利用数据库本身的提供的触发器或者存储过程+定时任务。这个完全是在数据库中编程实现的，不知道你用的是什么数据库。这种方式也是一个很不错的选择。
方法三：
找一些数据库同步软件，软件启动，并设置同步时间，时间一到，有专门的同步软件进行数据同步。当然这种方式要看你是什么数据库，还有就是同步软件收费的，需要购买！
使用ftp，B每天12点定时把数据上传到A的指定目录下，A启一个定时程序来load B上传的数据。
如果用的是jboss或weblogic等javaEE应用服务器的话，建议你使用JMS消息来监听此类情况
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