九亭站有5个出入口。地下2层岛式站台。九亭站位于沪松公路中段南侧、九新公路东侧开始入地，具体位置应该是沪松公路和沪亭路，毗邻九亭镇的商务圈。另外奥林匹克花园边上的铁路立交桥下是中春路站，位于七宝和九亭的地理交界处。
