据我了解以及自己办证的过程，你入单位户口，如果你哪天离职，户口迁移会麻烦，如果入深圳集体户倒是跟你深圳户口在挂个人房产名下差不多，其次你办理了农转非了，家里得地是留给弟弟的，不过具体也需要询问老家那边得政策，毕竟各地政策不同，难以统一。而且办理了农转非，入了深户，以后迁出也是一麻烦事。
