1560年3月,戚继光调整部署,确立实行(海)陆战兼用而以陆战为主的战略部署,并大力整顿卫所,加强海上防务。1561年4月19日,16艘倭改携船由象山至奉化西凤漏亩岭登陆,窜扰宁海团前,然后分兵3路进犯台州(今浙江临海)。戚继光看到新河寇急而宁海寇多,决定由唐尧臣率领戍守海门、台州的军队救援新河,自己亲率主力进剿宁海的倭寇。唐尧臣在新河大败倭寇,宁海倭寇风闻戚继光率部进剿,纷纷逃窜,但骚扰桃渚的倭寇仍杀向精进寺,企图进犯台州府城。戚继光挥师南下,于27日下午赶到台州城外,在花街截击敌人,“五战五胜”,共斩首380级,生擒巨酋二,俘其漂溺无算”(《戚少保年谱耆编》)。不久,戚家军又取得长沙(今浙江温岭县东南)大捷。经过一个月的战斗,侵犯台州之寇悉被歼灭,戚继光因功升任都指挥使。与此同时,总兵官卢镗、参将牛天锡等也在宁波、温州一带大败倭寇,浙江的倭患被基本平息。
倭寇在浙江遭到毁灭性打击后,纷纷逃窜福建。1562年7月,明廷命戚继光率所部6000人入闽剿倭,屡核搜伏败倭寇。至10月初,“闽宿寇几尺”(《明史》卷二一二,《戚继光传》)。