增值税免税项目和应税项目分开核算，是指按照增值税暂行条例第十六条规定：纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目的销售额；未分别核算销售额的，不得免税、减税。
以及《财政部 国家税务总局 关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第四十一条 纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目的销售额；未分别核算的，不得免税、减税。
根据上述规定，增值税免税项目和应税项目分开核算，只是不同销售额分开核算就可以了，至于成本、费用等没有规定，这就比较简单了，在“主营业务收入”一级科目下，设置“应税收入”与“免税收入”就可以了。但特别注意，增值税属于价外税，销售额无论是应税还是免税，均为不含税。
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