A、基因突变是生物变异的根本来源，A错误；B、基因重组发生在有性生殖的过程中，B错误；C、基因重组有自由组合和交叉互换两类，后者同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换，C错误；D、基因重组有自由组合、交叉互换和基因工程，D正确．故选：D．
