测序得到的碱基总数就是原始的测序数据，其中会包括一些低质量的碱基，通过去除低质量的碱基，再去除片段过短的序列，得到高质量的序列用于后续分析。一般评价测序深度都是用过滤之后高质量的序列来进行评估的，这些序列也将参与后续的分析。
