不一样。真核生物RNA聚合酶分三种：RNA聚合酶I转录产物为rRNA。RNA聚合酶II的产物负责hmRNA或mRNA前体转录。RNA聚合酶III负责tRNA,5SRNA及其它小RNA的转录。真核生物RNA聚合酶含有与E.coli(原核）RNA聚合酶α、β、和β‘相应的亚基，但没有σ亚基对应物。必须借助多种转录因子才能结合到启动子上。转录过程与原核生物类似。
