主要有两个方面的区别。一是细胞质基因均为母代传给子代。而细胞核基因为母代父代各一半。二是细胞质基因不完整，只能在某些细胞器内部完成表达，并控制一些性状，但不能控制细胞的完整性状。且细胞质基因所决定的大部分蛋白质也是由核基因编码的。
细胞核基因和细胞质基因有什么区别核基因是细胞核指导细胞新陈代谢的基因,质基因是线粒体或叶绿体内完善所需蛋白质合成的基因(光光质基因无法指导蛋白质合成)
